PCR检测质量的控制是一个系统工程，总体上涉及三个方面：一是试验仪器；二是试验试剂与耗材；三是人员操作。任何一个方面出现问题，都会影响PCR检测质量。

一、试验仪器
PCR仪和紫外凝胶成像系统（紫外分析仪或手提紫外等）以及移液器都可能影响PCR检测的质量。PCR仪是控制PCR反应温度变化的，其温度和控制时间的准确程度可能会影性PCR检测质量。移液器取液的准确程度影响反应体系是否能达到最佳反应环境。紫外分析系统对检测敏感性有明显的影响。紫外分析系统有3种类型仪器：紫外分析仪、紫外凝胶成像系统、手提紫外灯。
仪器的质量控制应该通过实验室质量认证来实施，定期进行仪器的效验。没有质量认证的实验室可以定期请仪器生产厂家进行效验和保养，确保所有仪器处于正常的工作状态。

二、人员操作
我们多名实验室人员曾经对相同样品同时进行检测，检测结果确实存在差异。经常检测人员比其他实验人员检测的灵敏度高10~100倍。说明PCR检测的试验确实有一定的操作技术需要熟悉和训练，不同的人员对检测结果有一定的影响。加强人员的操作技能的训练是必须的，需要实验技术人员对PCR检测有一个熟练的过程。
PCR污染控制是PCR检测操作人员必须非常注意一项内容。实验室设置上分配液区、模板提取区、扩增区、电泳区。物流应按分配液区、模板提取区、扩增区、电泳区顺序，严禁倒流。人员操作也应非常注意，比如注意经常打扫卫生消毒、对移液器要定期进行清洗、消毒。及时试验操作简便、快速、准确等。

三、试验试剂与耗材
在PCR仪检测质量控制中，试剂的选择具有十分重要的作用，也是实验人员最为关注的检测质量控制因素。试剂一定选择质量和信誉好的厂商，一但选定后最好不要轻易改换。如果必须改换时应与原产品进行严格比对试验，包括敏感性、特异性、试剂保存期等试验。并且经常要注意不同批次产品质量的差异。比如说TaqDNA聚合酶，不同厂家生产的质量是有差异的，尽管都是标出相同活性单位，但其标定方法和保存液的成分以及运输过程的不同常常导致实际活性单位是有差异的，有时由于其活性低，使得弱阳性样品漏检；有时由于其活性过高出现非特异扩增。这与ELISA检测中酶结合物的作用相似。其实影响PCR检测结果的试剂很多，可以这样说，PCR检测用的所有试剂都可能影响检测效果。控制试剂的质量是作好PCR检测前提。我们认为：最好是选择PCR试剂盒来控制试剂质量。
评价一种PCR试剂盒，除了考虑它的敏感性、特异性、稳定性、操作简便程度外，还应包括：试剂盒提供的试剂覆盖整个PCR检测试验的程度。如果试剂盒提供了整个PCR检测试验的试剂，表明该试剂盒对PCR检测试验的试剂具有了全程控制性能。
实验耗材也是影响PCR检测质量的因素之一。PCR反应管薄厚以及传导热量性能等直接影响PCR检测效果。在热盖PCR仪上一般不需要加入矿物油，但有些PCR反应管盖子不严密，导致扩增过程中反应液水份蒸发，严重影响检测灵敏度。PCR反应体系是微量的，移液器的Tip头生产质量不好时，有时致使液体残留量多或洪吸作用强，导致试剂盒中试剂量不够，配置PCR反应体系不准，造成检测质量下降。

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