准确的讲包括实时荧光定量在内都没有自动加样和标本处理系统，只能算半自动的。PCR仪简单的东东，一个温控设备和一个检测设备而已。关于温控，主要是介质问题。理想的介质是导热性好、比热大、接触紧密的东东。这方面最好的是水浴和油浴，比热大（油比水更大）、溶剂化物体，与反应物无缝接触，效果当然最好。但是自动化，小型化难，只有最初的水浴锅式使用。
　　硅加热，这是使用最普遍的一种，优点：易自动化、速度快、直接加热降温，效果当然好，但是第一成本较高，第二其使用的介质是金属，导热虽然好，但是与反应管，很难做到无缝接触，定性时代可以加油，但用荧光定最，由于油有荧光信号不能用。所以在无缝接触上差一些。第三由于是底部加热，下部压力较大，有溢出的可能，不过新的仪器在加热盖以后解决了这个问题。
　　空气加热，用空气做介质有优点，与反应体系无缝接触，但是空气的导热性差、比热小的弱点明显。因此空气加热的要利用离心来产生空气流动，增强导热性，同时使用毛细管，加大接触面积、试剂微量化来弥补。这样做了以后效果还是不错。但有的厂商把什么离心、毛细管的好处大讲特讲，对气加热的弱点闭口不谈，却是高明的市场手法。同时，使用离心，对标本量增大是有影响的并且标本量越大，空气比热小的弱点就越明显，所以空所加热的仪器标本量都比较小。使用毛细管后由于反应液与管的接触面积增大，吸附现象更大，因此试剂的通用性差一般要专门开发，成本高，虽然试剂用量少，但因为是专用试剂，每人份就是以实际量算，并不省试剂。反而增加了毛细管成本。
　　关于功能，所有的PCR仪都大体相同。只有MJ孔间能使用不同温度比较独特，这对于多项目同时检测以及循环参数的调整比较有用。但其实时荧光的仪器刚进入中国不久，具体如何还不得而知。
关于选购，根据单位情况而定，由于PCR的技术含量其实并不高，好的国产仪器差不太多。

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